結論から書いておきます。普通乗車券では不可能ですが、ＩＣカード乗車券では可能です。
以下で、順に解説していきます。
１ 分岐駅通過の区間外乗車とは
この制度は、旅客営業規則（以下「旅規」という。）には明記されていません。事務取扱基準を定めた旅客営業取扱基準規程（以下「基準規程」という。）の151条に定めている制度です。簡単にいうと、片方であっても分岐点を通過する列車（もちろん普通も含めます。）を利用する場合には、特定の区間をはみ出しても運賃はいただきませんというものです。
草津から米原までの乗車券（東海道本線経由もしくは券売機で購入する金額式）で、下図のように、わざと湖西線（琵琶湖の西側）をぐるっと遠回りしていく場合を考えてみます。
区間外として該当する箇所は２か所です。まず、山科を通過する列車に乗車する場合は、京都で乗り換えますが、山科・京都間を別に支払う必要はありません。もう一か所は近江塩津・敦賀間です。ただし、どちらとも京都や敦賀で改札を出ることはできません。また、実際このような列車はないですが、近江塩津を通過して新疋田に停車する列車で、新疋田や敦賀で乗り換えることも可能です。
特急などに乗り換えるためだけに、はみ出して乗車した運賃をいただくのは申しわけないというサービス上の制度ですね。
ちなみに大都市近郊区間外からで、かつ101キロ以上の乗車券をつかって区間外乗車をしてから区間外で降りるなどすると、分岐駅からの運賃が徴収されます。その際、戻りも翌日までにＪＲを使うという場合は、専用の復路専用乗車券を発行する場合がありました。現在は、釧路、苫小牧、名古屋（訂正：2018年で終了）ぐらいにしか置いてありません。
これは昔京都駅で発行されたものです。
余談ですが、西日本鉄道の宮の陣・西鉄久留米間は少々特殊です。区間外乗車ではなく、復乗区間もふくめて片道にするというものです。連続乗車券にしない点だけ少しサービスしていることになります。ＪＲほどサービスはしないということですね。しかし、西鉄は17キロを超える場合は途中下車が可能なので、こちらの利点が大きいですね。
区間外乗車とは別に大都市近郊区間の制度があります（営業規則157条2項、同156条）。そのエリア内であれば、ぶつからない限り、券面の経路と関係なく乗車できるものです。今回の事例では下図の赤枠が大都市近郊区間です。
だとすると、山科・京都間は、東海道本線経由の草津→米原の乗車券でも金額式の乗車券でも問題なく区間外乗車の恩恵を受けられます。
では、大都市近郊区間を外れる近江塩津・敦賀間はどうか。できません。基準規程151条をみると、3項に次の通り特則があります。
次に掲げる区間に限り、規則第157条第2項の規定により乗車中の場合は、前各項に準じて区間外乗車の取扱いをすることができる。
神田・東京間 代々木・新宿間 新前橋・高崎間 倉賀野・高崎間 東神奈川・横浜間 山科・京都間 新大阪・大阪間 大阪・新大阪間 尼崎・大阪間 西小倉・小倉間 吉塚・博多間 城野・小倉間
すこしわかりにくいですが、規則第157条2項というのが大都市近郊区間ですから、この制度を使って乗車している場合は区間外乗車ができるとなっていることから、これを反対解釈し、ここに挙がってない場合はできないと理解します。そうなると、山科・京都間はできますが、近江塩津・敦賀間はできないことになります。
３ ICカードの場合はどうなるのか
ICカードでも、旅規は適用されます（ＪＲ西日本・ICカード乗車券取扱約款2条7項1号：以下本約款を「ICカード約款」といいます。）から、旅規157条も適用があるように読めます。しかし、157条2項をよく読むと、「普通乗車券及び回数乗車券（併用となるものを含む。）となっており、ICカードでの利用は認めていません。したがって、ICカードに大都市近郊区間の制度は適用になりません。
そこで、ICカード乗車券約款をよく読んでみます。すると、「当該乗車区間に対する片道普通旅客運賃の運賃計算にかかわらず、利用エリア内に限り他の経路を乗車することができます」との文言を20条3号に見つけることができます。大都市近郊間内の選択乗車とそっくりな規定です。20条3号は、同条1号の規定に基づく乗車を意味していて、それは8条1項の規定により使用する場合を意味していて、さらに8条1項は7条のエリア内の駅相互間を乗車する場合を意味しているので、結局、ICOKAエリア内ではどんな経路でも行けるということになります。
しかし、分岐駅通過にかかわる区間外乗車の制度は基準規程に定めていることから、ICカードに区間外乗車の制度が適用されるのかは定まりません。
そこで確認すると、ICカード約款とは別にICカード乗車券取扱基準規程（非公開）があり、1条に基準規程を用いる旨があります。ということは、ICカード乗車券にも区間外乗車が認められることになります。
なお、ここで注意すべきは151条の書き方です。
（分岐駅通過列車に対する区間外乗車の取扱いの特例）
第151条 次に掲げる区間の左方の駅を通過する急行列車へ同駅から分岐する線区から乗り継ぐ(急行列車から普通列車への乗継ぎを含む。) ため、同区間を乗車する旅客 (定期乗車券を所持する旅客を除く。) に対しては、当該区間内において途中下車をしない限り、別に旅客運賃を収受しないで、当該区間について乗車券面の区間外乗車の取扱いをすることができる。以下略
条文をよく読むと普通乗車券に限ってないので、定期乗車券はだめですが、回数乗車券、団体乗車券はもとより企画乗車券、IC乗車券であっても問題ないということになります。さらには無札でも良いわけです。無人の近江中条から無札で乗って、敦賀まで行き、敦賀駅の改札や特急しらさぎの車掌から乗車券を購入する場合は、近江中条→米原の乗車券を購入するだけで済みます。
★ ★
個人的には普通乗車券とICカード乗車券でこのような差を設けるのは良くないと思っていますが、後払いになるICカードでは実務上やりにくいからなのでしょう。例えば、ICカードで近江塩津・敦賀間の区間外乗車を認めないと、区間外乗車中に検札をした場合に処理がすこぶる複雑になるからです。
４ 普通乗車券で区間外に出てしまったら
草津→米原（経由：東海道）の普通乗車券で敦賀まで行ってしまった場合の処理はどうなるのでしょうか。いわゆる経路変更として、湖西線経由の区間変更券になり、差額収受です。そして、区間変更券は湖西線経由なので、区間外乗車が認められて、近江塩津・敦賀間は運賃がかからないということになります。
さらに、当該原券をもって敦賀で下車してしまったらどうか。この場合、湖西線経由の運賃から原券分を控除した金額の精算となります。米原経由の方が安いのですが、敦賀は近郊区間を外れていますので、実際に乗車してきた湖西線経由で計算されからです。
