【前提】 基本の移動経路は往路を「新津→新潟→(上越新幹線)→東京→関内」、復路は逆の内容とする。
★往路★
説明の都合上、順番を入れ替えます。
【紙のきっぷ】
所持している乗車券類が紙のきっぷ(乗車券新津→関内（横浜市内）、経由は想定の経路通り＋新幹線指定席特急券新潟→東京)である場合
1.新津駅入場前に上越新幹線が設備故障・事故等の理由により運転見合わせとなり、予約した列車が平常運転とならないことが確実となった場合、それでも当日中に関内駅に移動しなければならない場合どのように対処すべきか？
（１）無手数料払い戻し(基準規程352条)。
（２）他経路乗車や別途乗車は原則不可だが（承認規定なし）、支社特認を出すこともあり（上越新幹線なら出す可能性が高い）。
その場合、特急しらゆきで長岡までなど行ける可能性が高い。妙高高原まわりも通過連絡設定があるので、高崎まで抑止なら承認を出すかもしれない。
2.新幹線の運転見合わせを確知したのが新津駅入場後～新潟駅新幹線改札入場前だった場合はどうすべきか？
（１）新津まで無賃送還を受け、無手数料払い戻し。そして買いなおす。
（２）新潟で払い戻して（新津・新潟間は控除される）、高速バスなどで行く方法。
（３）他経路乗車：
新潟・長岡間を他経路乗車、その先は当初の経路通り信越本線と上越線に乗車（新幹線と同一なので、本来の経路）。特急券は無手数料払い戻し。
在来線が正常運行の場合に他経路乗車はどこまで認められるのかという問題ですが、無理でしょう。
ただし、支社の特認がでて上記と同様に上越妙高まわりを可とする運用だと思います。
（４）上越線も不通だった場合
他経路乗車として、飯山線+北陸新幹線を認める可能性が高い。
上越妙高回りも認められるが（連規102条）、トキ鉄部分の特急料金は支払う必要あり。
基準は「順路」としてどれだけ合理性があるかである（駅との交渉が必要）。
別途乗車：新潟・東京間の不乗証明をもらって、東京まで高速バスで行って、関内に着いたときに不乗区間分の払い戻しも可。
3.新潟駅新幹線改札入場後、乗車前に運転見合わせが発生した場合はどうするか？
同上
4.乗車予定の列車に乗車・発車後、途中駅で運転見合わせが発生し停車、かつ運転再開に時間を要する場合どうするか？
（１）新津に無賃送還後、無手数料払い戻し。信越本線や弥彦線を使って戻ることも可（旅規284条1項2号）。
（２）長岡や越後湯沢で打ち切って、残りを払い戻すなども可
（３）上越線も不通だった場合
他経路乗車：
同上。また浦佐まで進んでしまったときに越後川口・飯山線経由や宮内・直江津経由にすることも可能。
※浦佐・越後川口間、または浦佐・宮内間の復乗は可（基準規程360条1項1号）。
特急に乗る場合は区間外乗車の規定を使って長岡まで戻れる。
【新幹線eチケット利用】
(金券ショップで購入の株主優待券を適用)＋ICカードチャージ残高で新幹線以外の区間を利用
大前提として、eチケットは払い戻しと無賃送還しか認めてないことと（JR券申込サービスに関する規約12条25号）、新津・新潟/新潟・東京/東京・関内と運送契約はそれぞれ別である。
1.新津駅入場前に上越新幹線が設備故障・事故等の理由により運転見合わせとなり、予約した列車が平常運転とならないことが確実となった場合、それでも当日中に関内駅に移動しなければならない場合どのように対処すべきか？
無手数料払い戻し一択
2.新幹線の運転見合わせを確知したのが新津駅入場後～新潟駅新幹線改札入場前だった場合はどうすべきか？
同上。ただし新津・新潟間の運賃は、改札を出てなければ、誤乗に準じて無賃送還を認めてくれる可能性が高い（事情気の毒という駅の温情）。
改札を出てしまっていたら運送契約は履行済みなので、誤乗として認める余地がない。
3.新潟駅新幹線改札入場後、乗車前に運転見合わせが発生した場合はどうするか？
同上。連絡改札を通っただけであれば、まだ新潟駅にいるので、同様に誤乗で新津まで無賃送還もありうる。
4.乗車予定の列車に乗車・発車後、途中駅で運転見合わせが発生し停車、かつ運転再開に時間を要する場合どうするか？
新潟に無賃送還、無手数料払い戻し。新津・新潟間の運賃は戻ってこない。
あるいは途中で打ち切ってeチケットだけ払い戻し。
★復路★
2024年に発売された「旅せよ平日！JR東日本たびキュン 早割パス」を利用、キュンパスの購入と同時に指定席利用権の1回目分を行使し、東京→新潟の新幹線を予約、指定席特急券を所持 当日中に新津駅に到着しなければならない。
東京駅到着前に関内→東京駅間の経路に問題があった場合はJR東日本フリーパスであるキュンパスによって当然に別経路を利用できるため考慮しない。
1.東京駅到着後、新幹線改札入場以前に運転見合わせを確知した場合、どのように対処すべきか。
なんともしようがないですよね。パスのエリアで運行されている路線を使うしかいないと思います。
ただし、１回分は取り消してもらえるのでは？
また、希望すれば、関内・東京間の運賃を支払うことを条件にキュンパスを誤入鋏処理してくれるかもしれません。
通達の内容がわからないので、この辺りは何とも言えないのですが、
2.東京駅新幹線改札入場後に運転見合わせを確知、または運転見合わせが発生した場合はどうすべきか。
同上
3.指定の列車に乗車・発車後に運転見合わせが発生した場合、どうすべきか。 特に、キュンパスに付与されている指定席利用権2回をどのように処理するか(他経路での移動に切り替える場合、いずれかの乗り換え可能な駅に移動し、北陸新幹線で上越妙高まで指定席に乗車し、かつその後特急しらゆきの指定席に乗車する(上越新幹線に行使していた指定席利用権を復活させて改めて2列車で指定席を利用する)事ができるか？
乗車しているからさすがに無理だと思います。このへんも資料を持ってないので、推測で答えてしまいますが。
4.所持している乗車券類が通常の紙のきっぷ(通常の乗車券＋指定席特急券)だった場合はどうなるか。
冒頭の事例と同じです。
関内までの無賃送還、中止して無手数料払い戻し、上越線で行く形ですね。
ただし、北陸新幹線・上越妙高経由の他経路特認が出される可能性は高いです。
上越線まで普通なら北陸新幹線・上越妙高経由や飯山線経由可能です。ただしトキ鉄の特急券は支払う必要あり。
5.所持している乗車券類が新幹線eチケット＋新幹線外区間はICカードチャージ残高での利用の場合はどうなるか。
関内＝新津、新潟＝東京と考えて、同様の取り扱いだと思います。
