まずはこちらの乗車券から見てもらいましょう。
記事欄を見てください。原券が常盤から1700円、大阪市内まで乗り越しとなっています。これが発行される根拠は原券がマルムのときです。マルムの意味は下記をご覧ください。
現在は実務上、買替として売ることは少なくなっています。社内補充券発行機では買替に対応しているので、発行できますが、あまりやっていません。原券が100キロまでや大都市近郊区間相互発着の場合は、区間変更でも運賃が結果的に変わらないので、区間変更券として売ることがほとんどです。
できない場合は、原券が101キロを超えているときです。この場合の区間変更は打ち切り計算(原券の着駅でいったん計算を打ち切る)になり、往々にして旅客が損をしますので、本来の買替として売らざるを得ません。それが上記の乗車券です。いまではマルムで101キロを超えるような乗車券は北海道の一部の駅にあるぐらいでしょう。
改札においては、誤購入でいったん無手数料払い戻しにしたうえで、新たに他駅発の乗車券として発行する形が定着しています。マルスやPOSで対応してないので、特別補充券で作成するのが本来ですが、面倒なのでやらないのです。
個人的には買替の制度はなくしてしまってもいいと思っています。マルムの乗車券がきたときには発駅計算の区間変更券を発売するというルールにすればいいだけです。この制度がなぜ残っているかというと、理論的な部分だと思います。区間変更は旅客の任意の意思で経路や行先を変更するものですが、買替の場合は、JR側の都合なので、旅客の意思とは関係ありません。その部分で制度として分けているのでしょう。